С 1991 вся власть в стране принадлежала Коммунистической партии Узбекистана (КПУз), являвшейся узбекским филиалом Коммунистической партии Советского Союза (КПСС). Она контролировала законодательный орган республики – Верховный Совет – и исполнительную власть, представленную Советом министров. После путча в Москве в августе 1991 Ислам Каримов вывел КПУз из состава КПСС, а позже преобразовал ее в Народно-демократическую партию (НДП). НДП имеет того же лидера и ту же структуру, что и КПУз, но меньшее количество членов.
После провозглашения независимости 31 августа 1991 началась перестройка государственного аппарата и формирование новой государственной системы. В декабре 1992 Узбекистан принял новую конституцию, предусматривавшую новый парламент – Олий Мажлис (Верховный Совет).
Олий Мажлис – высший однопалатный законодательный орган, включающий 250 членов, избираемых по одномандатным округам. Первые выборы нового парламента состоялись в декабре 1994. До этого времени продолжал работать старый Верховный Совет, сохранившийся с советских времен.
Депутаты парламента избираются на 5 лет. В первых выборах участвовали кандидаты от двух партий – НДП и «Ватан тараккиети» («Прогресс Отечества»), а также от 12 областных советов, Ташкента и Каракалпакстана. В результате выборов НДП получила 69 мест, «Прогресс Отечества» – 14 мест. Из оставшихся 167 депутатских мест подавляющее большинство (130) заняли члены НДП (выступавшие как независимые кандидаты). Таким образом, НДП как наследница КПУз продолжает доминировать в Верховном Совете.
Наиболее важным государственным органом в стране является администрация президента. Ислам Каримов был избран президентом 29 декабря 1991. Учитывая ограничения, с которыми столкнулся соперник Каримова Мухаммад Салих из партии «Эрк», и нарушения в ходе голосования, международные наблюдатели сочли выборы незаконными. Состоявшийся 26 марта 1995 референдум продлил полномочия Каримова до 2000 (согласно официальным данным, из 99,6% голосовавших 99,3% высказались за продление полномочий). Поскольку это продление касается лишь первого срока президентства, на следующих президентских выборах 9 января 2000 Каримов может быть избран на второй срок.
Президент имеет право назначать и смещать премьер-министра, глав региональных администраций (хакимов), судей и других чиновников.
Местные органы власти. В качестве основных административных единиц в границах Узбекистана выделены 12 областей, город Ташкент и Каракалпакская автономная республика (Каракалпакстан). Во главе администрации каждой из этих единиц стоит губернатор (хаким), которого назначает президент страны. Каримов регулярно назначает и смещает хакимов или переводит их на другую работу. Финансирует работу местных органов власти центральное правительство.
В 1988 была создана первая оппозиционная политическая организация «Бирлик» («Союз»), включавшая писателей, ученых, других представителей интеллигенции. Более радикальное крыло «Бирлика» возглавлялось физиком А.Пулатовым и было нацелено на ускорение общественных преобразований путем массовых демонстраций протеста. Умеренное крыло возглавлялось поэтом М.Салихом.
В феврале 1990 представители умеренных образовали новую политическую организацию «Эрк» («Свобода»). Весной 1990 многие члены «Эрка» стали депутатами Верховного Совета Узбекистана. Несмотря на умеренную политическую платформу движения, Каримов задерживал официальную регистрацию новой партии до сентября 1991. «Бирлик» был официально зарегистрирован в ноябре 1991, но не как политическая партия, а как общественная организация.